El establecimiento de los Agustinos en Guadix data del año 1594, produciéndose la fundación bajo el episcopado de Juan de Fonseca y siendo patronos y dotadores Pedro Ruiz de Valdivia y su mujer y, posteriormente, Diego de la Cueva y Benavides. «Sin embargo, la fábrica de la iglesia y de parte del Convento no tuvo efecto hasta tiempos del obispo fray José Lainez agustino, que la costeó a sus expensas, alrededor del año 1655».
Su templo ha sido modificado recientemente pero se conserva fotografía de su estado antiguo. La primitiva estructura de planta central alveolada muestra una gran originalidad en lo granadino, quedando vinculada a los diseños netamente barrocos. Hacia fuera, en los laterales, aún se observa esa peculiar organización de exedras adosadas en círculo y separadas por pilastras, que funcionando como capillas hornacinas se abrían a la nave circular cubierta por una amplia cúpula. Su obra era entera de ladrillo y se conserva aún el encuadre de dos homacinas con la típida ornamentación a modo de guirnalda floral hecha en yeso. Después de la guerra se rehizo la iglesia, modificando su planta al encajarse dentro una nave rectangular.
