Esta amplia y cuidada iglesia fue terminada en 1634, fecha indicada en una inscripción sobre la portada: SIENDO OBISPO DE GUADIX FRAI IVAN DE ARAOZ I FIA A 1634. Sustituyó a la primitiva mezquita, luego iglesia, que estaba en ruinas en 1626. Consta de capilla mayor y tres naves, separadas por arcos de medio punto y se cubre con armaduras sencillas, de tradición mudéjar, pero muy simplificadas en su adorno que parecen rehechas en época posterior. Lo más original es la alternancia decorativa que presentan los tirantes en la armadura de la nave principal. Los muros son de cajones de mampostería encintados de ladrillo. La torre se añadió en 1706 pero conservando el estilo anterior, con un sobrio campanario de dobles vanos muy estrechos. En la hornacina exterior, sobre la portada de los pies, hay una Inmaculada de mármol donada por la familia Berbel-Martínez y encima el escudo episcopal. El retablo mayor y su imaginería son modernos. El coro es de madera sobre zapatas de acanto. El patrón de Huéneja es San Francisco Serrano, natural de la localidad, que comparte devoción con la Virgen de la Presentación y con San Blas.