La primitiva iglesia parroquial de San Miguel, a pesar de su estado actual, es una obra de especial interés dentro de la arquitectura diocesana. El primer templo fue la antigua mezquita, a la que en tiempos del obispo Antonio del Águila (1537-1545) se le añadió la torre actual, como atestigua el escudo de la misma. En los años 1560-68 se inicia un nuevo edificio, adoptando un modelo ya netamente renacentista, frente al mudejarismo de las parroquiales guadijeñas anteriores. Desgraciadamente, el ambicioso proyecto de este gran templo quedó abortado cuando la rebelión de los moriscos, continuándose a finales del siglo XVI y más tarde en la segunda mitad del XVII, pero nunca llegaría a terminarse. El primer diseño pudiera deberse al cantero Juan de Arredondo, maestro mayor de la catedral entre los años 1559 y 1573. Del edificio actual, en proceso de rehabilitación, resalta su perímetro inferior, todo él formado por sillares de piedra, y la cabecera, con una capilla mayor semicircular, altas pilastras toscazas en el crucero bóvedas adornadas con casetones. Desde el exterior, son visibles los arranques de las bóvedas, con gruesos nervios de piedra, de las capillas laterales que quedaron sin terminar. También es interesante la puerta lateral, con unos herrajes comunes a los usados en los últimos años del siglo XVI y del primer tercio del siguiente. Especialmente atractivo es el rincón urbano formado por la cabecera y el llamado Arco de los Mensafíes y las estrechas calles aledañas.